Le territoire agricole du site (env. 1 300 ha) est en majorité géré en cultures annuelles (céréales et oléoprotéagineux). Quelques élevages, bovin lait et/ou bovin viande, centre équestre et poney-club, entretiennent des zones de prairies naturelles et temporaires. On note aussi quelques pièces de vigne, un verger fruitier ainsi que des champs d’asperges.
Le parcellaire agricole est très contrasté entre des secteurs « fossiles » de parcelles de surfaces minuscules, issus d’une ancienne exploitation en vignes, et d’autres plus adaptés aux contraintes de l’agriculture actuelle. Sur la commune de Bonneuil-Matours, le terroir agricole est fortement imbriqué avec les nombreux bois et bosquets. A ces importantes lisières, s’ajoutent les bordures avec la forêt domaniale.
Plusieurs exploitations ont une grande part de leurs terres dans la ZPS, voire la totalité pour quelques-unes. À l’opposé, certaines parcelles font partie d’exploitations dont le siège est assez éloigné du site. Elles sont alors souvent menées en jachère.
Quelques exploitations étaient engagées dans des mesures agro-environnementales dans le cadre de contrats territoriaux d’exploitation.